Naturalmente, um mundo delicado que se criou num reino tão remoto e isolado é um sistema delicado. A interrupção e a introdução humanas facilmente perturbam um laboratório tão delicado - um sistema tão intrincado que levou milhões de anos para evoluir e sobreviver no que poderia parecer o menos provável dos lugares.
Há uma infinidade de problemas ambientais que assolam as ilhas, alguns decorrentes das pressões das mudanças climáticas mundiais, como o El Niño (ENSO), outros decorrentes da pesca comercial e da superpopulação, e muitos resultantes da introdução de espécies pelo homem desde o século XIX. Outro grande problema que as Ilhas Galápagos tiveram que enfrentar foi um grande derramamento de óleo em 2001.
A anomalia climática global atingiu duramente as Galápagos. Apesar de ser uma ocorrência totalmente natural, o padrão climático tirou da cadeia uma parte vital do ecossistema. Muitos peixes procuraram águas diferentes para se alimentar. Os lobos-marinhos foram os mais afectados, pois dependem dos peixes mais próximos da superfície. As águas superficiais aqueceram mais durante os ataques do El Niño e os lobos-marinhos com idades compreendidas entre 1 e 4 anos foram praticamente todos dizimados. O El Niño também afectou as aves costeiras. A ausência de peixe nas águas costeiras levou ao abandono de muitas das zonas tradicionais de nidificação das aves.
Embora esta força implacável e incontrolável da natureza tenha tido um impacto destrutivo nas Galápagos, muitos dos problemas ambientais que as Galápagos enfrentam têm origem numa fonte potencialmente controlável - os seres humanos. A presença de pessoas nas ilhas tem duas fontes: migração do continente e turismo.
A simples presença humana, por si só, não constitui uma ameaça tão grave para as espécies nativas. Afinal de contas, os humanos não chegaram sozinhos. Desde os tempos dos primeiros habitantes, foram importadas espécies não nativas para as ilhas, muitas vezes com consequências drásticas. Muitas das espécies introduzidas não são raras ou mortais em si mesmas, mas quando colocadas em ilhas frágeis onde a vida levou anos a adaptar-se, meros ratos, cães, gatos e cabras têm efeitos dramáticos. Os cães selvagens, provavelmente importados para as ilhas como mascotes dos primeiros colonos, têm sido uma ameaça para os ovos de tartaruga, para as espécies de iguanas nativas e até para os pinguins. Quatro cabras foram introduzidas nas Ilhas de Santiago no início do século XIX, tornando-se desenfreadas e uma estimativa calculou que a sua população tinha crescido para quase 100.000. Devido à sua constituição e capacidade de se alimentar de quase todas as plantas, as cabras, por si só, podem ser responsáveis pela extinção local de 4 ou 5 espécies de vegetação e competem com a tartaruga das Galápagos pela sua fonte de alimento. Uma espécie de vespa recentemente introduzida foi detectada nas ilhas e pode ser responsável pelo declínio do número de larvas de lagartas, uma fonte de alimento para os tentilhões. A Estação de Investigação Charles Darwin está constantemente a procurar soluções para o problema das espécies introduzidas. Para saber mais sobre este e outros projectos em que estão a trabalhar, consulte o seu sítio Web.
