As Ilhas Galápagos têm uma rica diversidade de vida vegetal. Nas terras altas, podem ser encontradas bromélias, orquídeas e a endémica Scalesia ou margarida das árvores, enquanto ao longo das costas prosperam as figueiras gigantes e os incríveis cactos candelabros. As ilhas também têm várias espécies endémicas, como as suas próprias plantas de algodão, tomate e pimenta.
A vida vegetal das Galápagos é tão extraordinária quanto sua vida selvagem, embora tenha recebido menos atenção e publicidade. No entanto, são muitas as ameaças que a vegetação enfrenta e a atenção mundial está actualmente centrada na angariação de fundos para campanhas botânicas destinadas a salvaguardar as espécies ameaçadas e a controlar as muitas plantas invasoras introduzidas nas ilhas pelo homem.
Existem cerca de 560 espécies de plantas nativas nas ilhas, ou seja, plantas que chegaram às ilhas por meios naturais. Destas, quase um terço são endémicas das ilhas, o que significa que não se encontram em nenhum outro lugar do mundo. Por exemplo, as Galápagos têm as suas próprias espécies endémicas de algodão, pimenta, goiaba, passiflora e tomate. Não só isso, mas muitas espécies são tão diferentes de outras em outros lugares que são agrupadas em seus próprios géneros endémicos. Entre eles, Scalesia, a "margarida" endémica, que evoluiu para uma série de espécies diferentes, num paralelo botânico directo com os tentilhões de Darwin. Outros géneros endémicos da família das margaridas são o Darwiniothamnus, a Lecocarpus e a Macraea. Existem também alguns géneros endémicos de cactos, Brachycereus, o cacto de lava e Jasminocereus, o cacto candelabro.
De um modo geral, as plantas das Galápagos tendem a ser espécies "pioneiras", plantas resistentes que atravessam os oceanos com sucesso e conseguem estabelecer-se no ambiente frequentemente hostil das ilhas. Como relativamente poucas plantas conseguem fazer isso, a flora é "depauperada" - há muito menos espécies aqui do que em ambientes semelhantes no continente sul-americano. As plantas também estão adaptadas a ter muito poucos insectos ou outros animais para polinizar as suas flores ou dispersar os seus frutos e sementes. Isto significa que há poucas flores grandes e vistosas para atrair polinizadores e poucos frutos carnudos especializados. Mas existem algumas relações fascinantes entre plantas e animais. As tartarugas gigantes e as iguanas terrestres, por exemplo, alimentam-se de Opuntia, o cacto de pera espinhosa, e influenciaram a sua forma de crescimento em diferentes ilhas.
Um dos maiores problemas nas Galápagos vem das espécies vegetais estrangeiras introduzidas nas ilhas pelas pessoas, que se tornam pragas e invadem a vegetação nativa. A maioria dessas espécies foi trazida de propósito para a agricultura ou para jardins, e o problema é, portanto, maior nas ilhas habitadas. No início de 1999, eram conhecidas 475 espécies introduzidas e o processo continua ao ritmo de cerca de 10 novas chegadas por ano. Ao ritmo actual, estima-se que as espécies vegetais introduzidas ultrapassarão as espécies autóctones até ao ano 2007. Cerca de 40 dessas espécies já estão a invadir seriamente a vegetação nativa e outras 70 plantas introduzidas são susceptíveis de causar problemas no futuro.
Diferentes plantas introduzidas constituem problemas em diferentes ilhas do arquipélago. Na ilha de Santa Cruz, por exemplo, os piores culpados são a goiabeira Psidium guayaba, a maldição da Índia Lantana camara, uma espécie de amora Rubus niveus e o quinino Cinchona pubesceris. As árvores de quinino invadiram uma zona de vegetação única formada pela planta endémica Miconia robinsoniana, que se encontra apenas em duas ilhas. O quinino faz desaparecer a Miconia e, eventualmente, todas as outras plantas à sua volta, pelo que, se não for controlado, poderá destruir completamente toda esta zona. A goiabeira, por ser resistente à seca, pode invadir praticamente qualquer lugar, substituindo as árvores nativas e sombreando todas as plantas mais pequenas que se encontram por baixo. A árvore endémica Scalesia morre em grande número durante os eventos severos do El Niño e teme-se que nunca recupere do evento de 1997-98, uma vez que a goiabeira introduzida impedirá o seu crescimento natural. Outras plantas problemáticas são a passiflora, o capim-elefante e a kalanchoe, a mãe-de-milhar ornamental.
Os animais introduzidos também têm um efeito prejudicial sobre a flora nativa. As cabras dizimaram a vegetação em muitas ilhas e levaram algumas espécies de plantas à beira da extinção. Os burros selvagens e o gado bovino também pastam nas plantas autóctones ou pisam-nas. Os insectos e outros invertebrados são também um grande problema. Por exemplo, em 1982, foi registada pela primeira vez nas Galápagos uma cochonilha, a cochonilha do algodão, que se espalhou por outras sete ilhas em 1997. Infestam e muitas vezes matam muitos tipos de plantas nativas, e os cientistas procuraram métodos biológicos de controlo para salvaguardar a vegetação. Em Janeiro de 2002, a joaninha australiana, o inimigo natural da cochonilha-do-algodão, foi libertada após extensos estudos para garantir que a joaninha não representava qualquer ameaça para o ecossistema das Galápagos.
