A localização estratégica das ilhas tornou-se muito importante à medida que se aproximava o momento da abertura do Canal do Panamá. Várias potências européias e norte-americanas procuraram qualquer forma de comprar ou alugar algumas ou todas as ilhas, para serem usadas como estação de abastecimento de combustível para navios da Marinha ou, mais importante, para a defesa do Canal no lado do Pacífico. Chegaram mesmo a tentar declarar as ilhas "res nullius" (terras de ninguém). O Equador resistiu a esta pressão, mas cedeu algumas das ilhas para serem utilizadas na defesa durante a Segunda Guerra Mundial.
William Robinson vivia no seu iate na enseada do Tejo, estudando a flora e a fauna das ilhas, quando sofreu um grave ataque de apendicite e a sua situação tornou-se rapidamente desesperada. Por sorte, o atuneiro "Santa Cruz" estava por perto e contactou por rádio os fuzileiros navais baseados no Canal do Panamá. Uma vez concedida a autorização, dois hidroaviões descolaram para as ilhas, seguidos pelo contratorpedeiro "Hale". Chegaram a tempo de salvar a sua vida e foram instalados voos para as ilhas. O primeiro voo de avião, que transportava correio da Zona do Canal para as Galápagos, teve lugar a 6 de Fevereiro de 1936. Foi criado um selo comemorativo. Os primeiros voos comerciais chegaram a 3 de Janeiro de 1959, com a companhia aérea LIA e, mais tarde, com a companhia aérea TAME Equador (6 de Junho de 1963) e, mais uma vez, foram criados selos comemorativos. A TAME ainda tem voos para as Galápagos.
Os Estados Unidos consideravam as Galápagos essenciais para a vigilância do Canal. Desde 1928, os EUA, tendo estudado todas as alternativas em caso de guerra no Pacífico, escolheram a ilha de Baltra como base principal, e acumularam tudo o que era necessário na Zona do Canal ("as Unidades Galápagos"). A vigilância aérea começou cinco dias após o ataque japonês a Pearl Harbor. Em Março de 1942, iniciaram-se as operações na base: os Estados Unidos construíram 3 pistas de aterragem (o primeiro avião, um B24, aterrou em Maio), os fuzileiros navais instalaram o seu centro na "Enseada das Eólias" adjacente e construíram um cais (que continua a ser utilizado), rampas para hidroaviões, etc. No total, a Base Beta, como era chamada, podia albergar seis mil homens. Embora a Base Beta nunca tenha enfrentado uma emergência, a União reconheceu que as Galápagos tinham desempenhado um papel importante e, por essa razão, tentou comprar ou manter a base depois da guerra. A transferência oficial ocorreu em 1946, mas os últimos contingentes só partiram no início de 1949.
