Há duas estações nas Galápagos. A estação seca, ou garua, que vai de julho a dezembro. O termo "garua" refere-se à neblina e ao nevoeiro que costumam pairar sobre as maiores elevações durante esta estação. A estação quente ou húmida vai de Janeiro a Junho, sendo Março e Abril os meses mais chuvosos. O momento da mudança sazonal varia um pouco e há muitas vezes uma transição de vários meses em que ambos os tipos de clima podem ocorrer. Estas estações são também determinadas pelas condições oceanográficas. Por volta de Dezembro, ocorrem várias alterações nas correntes atmosféricas e oceânicas. Os ventos alísios afrouxam e a Zona de Convergência Intertropical, o "equador climático" que geralmente está localizado ao norte do equador geográfico, desloca-se para o sul em direção às Galápagos. O abrandamento dos ventos alísios faz com que a corrente que flui para oeste abrande. Isso reduz a ressurgência e permite que a água mais quente invada a região. O ar aquece e a camada de inversão se rompe. Isto permite que o ar quente suba até ao ponto em que se formam nuvens de chuva e ocorrem aguaceiros diários à tarde. No entanto, mesmo nesta estação, as baixas altitudes, particularmente as que se encontram na sombra das terras altas, recebem apenas chuva limitada. Curiosamente, as terras altas recebem mais humidade da garua do que da chuva.
De tempos a tempos, este aquecimento sazonal é mais intenso e prolongado do que o habitual. Trata-se de fenómenos oceanográficos conhecidos por El Niño e que estão associados a uma inversão da circulação atmosférica conhecida por Oscilação Sul. Em conjunto, são por vezes designados por eventos ENSO (El Niño-Southern Oscillation). Quando ocorre um El Niño, todo o padrão de circulação equatorial e atmosférica se inverte. As correntes e os ventos invertem-se e trazem agora água e ar quentes do Pacífico ocidental para as Galápagos e para a costa da América do Sul. Em associação com este facto, o sistema atmosférico normal de alta pressão no Pacífico oriental é substituído por um sistema de baixa pressão, e o sistema de baixa pressão no Pacífico ocidental por um sistema de alta pressão (ver diagrama ao lado). Áreas no norte da Austrália, Nova Guiné e Indonésia sofrem com a seca, enquanto chuvas fortes ocorrem nas Galápagos e na costa oeste da América do Sul. Nas Galápagos, as chuvas humedecem até mesmo as terras baixas secas, permitindo que a vegetação floresça. Com alimento abundante, os animais terrestres, como as iguanas e os tentilhões, se dão bem. Ao mesmo tempo, essas mudanças inibem a ressurgência que enriquece as águas das Galápagos em nutrientes. A vida marinha sofre com isso, às vezes de forma dramática. Um El Niño particularmente severo ocorreu em 1982-1983. A vida terrestre floresceu; os tentilhões, por exemplo, criaram várias ninhadas de filhotes. Mas foi uma catástrofe para a vida marinha. Aves marinhas de todos os tipos não conseguiram criar as suas crias e registou-se uma elevada mortalidade entre as iguanas marinhas e as focas. O El Niño estabelece assim um ritmo para a vida nas Galápagos, mas um ritmo em que as fortunas da vida marinha e terrestre estão exactamente desfasadas.
O El Nino 1997-1998 foi um dos eventos climáticos mais fortes do século passado. Na Indonésia e na Austrália, os incêndios florestais e as secas foram um problema. Entretanto, a parte ocidental da América do Norte e a América do Sul registaram fortes nevões e inundações. As Ilhas Galápagos foram afectadas como esperado: choveu intensamente entre Março de 1997 e Junho de 1998, com temperaturas no ar e no mar tipicamente quatro a cinco graus Celsius acima da média. A vida marinha foi afectada negativamente por esta situação, uma vez que a ressurgência e os níveis de nutrientes do oceano foram reduzidos. De um modo geral, a vida marinha não foi tão afectada por este El Niño como o foi durante o período de 1982-1983. Quando o El Niño chegou ao fim, em junho de 1998, leões marinhos e seus ossos foram encontrados nas praias de Galápagos. As iquanas marinhas também sofreram altas taxas de mortalidade, com os sobreviventes parecendo emaciados. Muitas aves marinhas não conseguiram criar filhotes. As chuvas abundantes, por outro lado, tornaram as terras baixas, normalmente marrons e áridas, exuberantes e vivas com vida terrestre e de pássaros.
Em 1998-1999, prevê-se uma La Nina, em que a água e o ar são mais frios do que o habitual. O ambiente marinho beneficiará, mas os habitantes da terra sofrerão. Os ciclos El Nino e La Nina fazem parte do ritmo das Galápagos e a fauna e a flora adaptaram-se bem a eles. Os fracos sucumbirão, mas os fortes sobreviverão e passarão seus genes para a próxima geração. O mundo continua a girar.
