Apesar de as ilhas terem pertencido a Quito durante os anos coloniais, após a independência não podiam ser consideradas terra de ninguém. Por esta razão, o General José Villamil, nascido na Louisiana e residente em Guayaquil, sugeriu a incorporação oficial do arquipélago na nova República. O coronel Ignacio Hernandez, delegado do governador, realizou a cerimónia a 12 de Fevereiro de 1832 na ilha de Floreana, que tomou este nome em honra do primeiro presidente do Equador, Juan José Flores.
O general José Villamil organizou uma companhia colonizadora com a ilusão de converter o arquipélago num lugar de paz (o primeiro povoado foi chamado "O asilo da paz"), de progresso e de regeneração de criminosos e soldados rebeldes, através do trabalho. Villamil mudou-se para a ilha em 12 de outubro de 1832 para tentar realizar seus sonhos. No início, tudo parecia prosperar, mas a presença de criminosos destruiu o ambiente e acabou por destruir a colónia. Em 1836, Villamil libertou animais domesticados (vacas, cavalos e burros) nas ilhas principais. Para aproveitar o pasto e se reproduzirem muito rapidamente, junto com os animais selvagens que sobraram da colonização anterior (cães, gatos, porcos e cabras), eles se tornaram um perigo para a ecologia das ilhas.
